Noch immer werden an intergeschlechtlichen Säuglingen und Kleinkindern medizinisch nicht notwendige Eingriffe durchgeführt, um ihre Körper zu „normalisieren“. Diese Eingriffe sind in der Regel nicht rückgängig zu machen und können schwerwiegende, langfristige körperliche und psychische Leiden verursachen. Ein Verbot solcher Operationen ist deshalb lange überfällig. Des Weiteren sollten betroffene Eltern und Kinder qualifiziert beraten werden.
Internationale Menschenrechtsgremien (Frauenrechtsausschuss, Anti-Folter-Ausschuss, Ausschuss zum Schutz der Rechte von Menschen mit Behinderungen) haben Deutschland dringlich aufgefordert, den Schutz intergeschlechtlicher Kinder sicherzustellen. Auch das Europäische Parlament hat im Jahr 2019 in einer Resolution die EU-Staaten ermutigt, so schnell wie möglich gesetzliche Verbote von „geschlechtsnormalisierenden“ Eingriffen zu erlassen. Das Institut hat mehrfach an internationlae Menschenrechtsgremien zur Situtaion in Deutschland berichtet.
Die Bundesregierung bereitet derzeit eine Verbotsregelung vor, zu der das Institut beraten hat.