Michael Windfuhr studierte Politikwissenschaft, Germanistik, Geographie und Philosophie in Heidelberg und ist seit 2011 stellvertretender Direktor des Deutschen Instituts für Menschenrechte. 2016 und 2020 wurde er zum Mitglied im UN-Ausschuss für wirtschaftliche, soziale und kulturelle Rechte gewählt. Seit 2017 führt er den Vorsitz der AG Wirtschaft und Menschenrechte des CSR-Forum der Bundesregierung, die die Bundesregierung rund um das Thema Unternehmensverantwortung berät. Seit 2020 ist er Vorsitzender des Beirats Grüner Knopf.
Zuvor arbeitete er u. a. als Leiter des Teams Menschenrechte bei Brot für die Welt (2006—2010) und war zwischen 1986 bis 2006 in verschiedenen Funktionen bei FIAN International tätig.