Seit Inkrafttreten des 3. Fakultativprotokolls kann der Ausschuss für die Rechte des Kindes auch Individualbeschwerden gegen einen Vertragsstaat prüfen und Untersuchungen vor Ort durchführen − allerdings nur, wenn der betreffende Staat das Fakultativprotokoll ratifiziert und damit das Beschwerdeverfahren anerkannt hat.
Das Individualbeschwerdeverfahren ermöglicht Kindern und Jugendlichen, eine Beschwerde beim Ausschuss einzureichen, wenn sie ihre in der Kinderrechtskonvention oder in den beiden Fakultativprotokollen festgehaltenen Rechte verletzt sehen.
Kinder und Jugendliche können die Beschwerde allein oder als Gruppe einreichen. Sie können auch eine Person oder Organisation benennen, die sie vertritt. Das Verfahren darf nicht gegen den Willen des Kindes geführt werden. Allgemeine, leitende Prinzipien für den Ausschuss sollen laut Artikel 2 des Fakultativprotokolls das Kindeswohl, die Rechte des Kindes und die Meinung des Kindes sein. Die Beschwerde ist nur zulässig, wenn davor der innerstaatliche Rechtsweg erschöpft und die strittigen Punkte noch nicht von einem anderen internationalen Gremium geprüft wurde.
Ist eine Beschwerde zulässig, fordert der Ausschuss den Staat zu einer Stellungnahme auf. Nach einer eingehenden Prüfung teilt der Ausschuss dann seine Auffassung mit, ob eine Verletzung vorliegt oder nicht, und verbindet diese mit Handlungsempfehlungen an den Staat. Die Empfehlungen des Ausschusses sind zwar rechtlich nicht bindend, dennoch ist der Vertragsstaat dazu aufgefordert, sich damit auseinanderzusetzen und innerhalb von sechs Monaten schriftlich darauf zu antworten.
Eine Übersicht über die vom Ausschuss geprüften Individualbeschwerden gibt es auf der Website des Hochkommissariats für Menschenrechte (OHCHR) in der Jurisprudence database.